L’agence a été créée sous Carter le 1er avril 1979 et permit le regroupement de plusieurs programmes gouvernementaux sous son épaule,notamment l’administration de protection civile contre les incendies à grande échelle,et les activités de la préparation de la Sécurité civile transmises par le Département de la Défense américain.
La FEMA fut chargée de la gestion du site dévasté du World Trade Center. Il lui fut demandé de produire un rapport d’études sur l’effondrement des tours.
Elle a rejoint en mars 2003 le giron du DHS,ce département nouvellement créé par la première Administration de George W. Bush pour assurer globalement la Sécurité du Territoire National,initiative motivée essentiellement par une restructuration de fond de la sanctuarisation du territoire face à la perspective de nouvelles attaques terroristes.
À l’occasion de ce rattachement,la FEMA s’est vue attribuer la prise en charge du Programme national de gestion des inondations.
Pour l’année fiscale 2008,l’agence prévoit d’employer 6 651 personnes et un budget Employé de 8,02 milliards de dollars américain.
Cette restructuration est polémique pour certains qui suspectent des coupures budgétaires affectant les organismes qui y furent rattachés.
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